신입 및 그 당파들이 수군을 폐하자는 논리는 이러하였다.
『지금 묘의가 군비를 파라기로 하였거늘 쓸데없이 수군을 확장해서 일본뿐 아니라 명나라에게 까지 라도 의심을 받을 필요가 없다는 것이 하나요. 또 설사 일본이 침입한다 하더라도 일본은 사방을 바다로 두른 섬나라여서 백성이 모두 물에 일이므로 도저히 수전을 일병을 막기가 어려우니 차라리 육지에 끌어 올려서 대번에 씨도 없이 부서 버리는 것에 상책이라는 것이 둘이니. 이 두 가지 이유로 수군을 확장할 필요가 없을 뿐더러 있던 것도 파해 버리고 오직 육전에만 전력을 하자.』
는 것이었다 여기는 동인들을 . 빈정대는 뜻이 많이 품겨 있었음은 물론이다.
왕은 어느 말을 좇을 바를 몰랐다. 그는 심히 결단성이 없고 이 말에는 이리로 저리로 솔깃하는 성격을 가진 이었었다. 신입의 이 계사는 조정에 큰 파문을 일으켰다. 그래서 서인가 동인과는 국가라는 견지도 다 버리고 오직 자기네 당파라는 견지에서 서로 물고 뜯었다. 이 모양을 본 류 성룡은 거북선의 성공으로 해서 조정에 일어난 풍파를 자세하게 이 순신에게 편지하였다. 그리고 그 끝에 「우리나라 사람들의 마음이 나라를 생각함보다 제 몸을 생각함이 많고 공번된 마음보다 남의 잘함을 시기함이 많으니 그대도 눈에 띄게 수군을 늘이어 너무 사람들의 미움을 받게 말라.」하는 구절을 썼었다.
이 순신은 류 성룡의 편지를 받아 보고 길게 한숨을 쉬었다. 이때에는 둘째 거북선을 짓기 시작한 때였다 순신은 곧 분향하고 엎드려 장계를 지었다. 그는 근래에 동해 일본 쪽으로부터 나뭇조각이 많이 떠온다는 것과 일본에 표류하였던 어민의 말을 들으면. 일본에서는 미구에 조선과 명 나라를 차기 위하여 삼십만 대병을 발한다는 소문이 있고 또 포구마다 병선을 짓는다는 말을 자세히. 정성된 말을 쓴 후에.
『바다로 오는 도둑을 막는 데는 수군 밖에 없사오니 수군이나 육군을 어느 것이나 하나를 폐할 수 없나이다( . . . .)』라 하여. 수군을 페함은 운명을 위태케 함이라고 하였다. 왕은 마침 신입의 계청대로 육군의 전력하고 수군은 파한다. ( )는 교서를 이 수신에게 내리려고 승지에게 붓을 들렸던 차에 이 장계를 받았다. 왕은 몸소 그 장계를 읽고 무릎을 쳐서 순신의 글 잘함을 칭찬한 뒤에 순군 혁파를 주장하는 제신들에게 그 장계를 돌려 보이고 더 다른 의견을 묻지 아니하고 순신의 장계에 「옳다(光).」신입의 장계에 「옳지 아니하다(不光).」는 비지를 내렸다.
이 모양으로 신입의 수군 혁파안은 이순신의 수륙 병존안에게 지게 되었다.
「순신의 글씨 때문에 왕의 뜻이 기울어졌다.」하는 말을 서인들이 돌렸다.
순신의 의견이 옳기 때문이라고 하기 싫은 것은 말할 것도 없지마는 「글을 잘해서」라는 말조차 하기 싫었다. 그래서 「글씨를 써서」하는 것으로 순신의 말이 선 이유를 삼은 것이다.
이것이 무론 이 순신의 명예는 아니었다. 도리어 전보다도 더 심각하게 순신은 서울에서 세도 잡은 무리들의 미움을 받을 장본이 되었다 더욱이 당당한 신 입이 일개 무명한 이 순신에게 졌다는 것은 참을 수 없는 수욕이었다. 그는 한번 보자고 이를 갈았다.