이 모양으로 명균은 갖은 행악을 다하면서 남도로 내려 갔다. 그러나 그들은 일찍 한번도 승전해 본 일은 없었다.
이 동안에 순신은 고금도(古今島)에 근거지를 잡았다. 고금도는 벽파진에서 해남 반도의 끝을 돌아 완도(莞島)를 지나 흥양(興陽) 반도를 돌아서 좌수영으로 통하는 요해에 척한 섬이다. 조약섬(助약섬라고 쓴다)과 고금도(본래는 꺾음섬) 사이에는 한강 넓이만한 곳이 있는데. 물이 깊어 아무리 큰 배라도 무시로 통행할 수 있을 뿐더러 곬이 두 섬 틈바구니로 휘임하게 구부러져 있기 때문에 밖에서 엿볼수가 없이 되었다. 신지오(新智島) 밖난바다를 통하면 몰라도. 내해를 통하려면 여기만큼 물 깊은 곳이 없었다. 그뿐더러 뒤에는 좌수영 뒤 쇠북산과 같은 높은 봉이 있어 그 봉에 오르면 사방 바다의 형편을 바라볼 편의가 있었다.
순신이 벽파진 싸움에 이긴 후에 각처로 모여든 군사가 팔천명이 넘었다.
순신은 이 군사들을 이끌고 고금도로 온 것이었다 첫째로 걱정되는 것이 군량이었다. 이에 순신은 한 계교를 내어서 충청. 전라. 경상 삼도를 통행하는 배에게 통행첩(通行帖)을 주게 하고 통행첩이 없이 다니는 배는 간세( ==)로 논하여 일체 통행을 금지하였다. 배에 대소를 나누어. 대선을 쌀 삼석. 중선은 이석. 소선은 일석을 받고 통행권을 주었다. 백성들은 순신의 해군을 믿고 재물을 가지고 섬으로 피난하는 것이 성풍이 되었기 때문에 이만한 쌀을 바치는 것은 어려운 일이 되었기 때문에 이만한 쌀을 바치는 것은 어려운 일이 아니어서 저마다 쌀을 갖다 바치고 통행첩을 얻었다. 이렇게 하여 받은 쌀이 십일 내에 만석이 넘었다.
군량을 판비하게에 성공한 순신은 각지에 영을 내려 동과 철을 모아 들이게 하였다. 백성들은 밥주발과 숟가락을 바치는 이조차 있었다. 순신은 고금도에 조병창을 세우고 대포와 조총을 제조하게 하였다.
또 각 섬과 연해 각지에서 재목을 실어 들여 배 짓기를 시작하고 일변으로는 대를 실어 들여 화살을 제조케 하였다.
이렇게 많은 군사와 공장이 모여 들기 때문에 장사하는 사람들. 피난하는 사람들도 모여 들어서 고금도는 한 달이 넘지 못하여 큰 도시를 이루었다.
순신은 명나라 군사가 거처하기 위한 병영을 짓고 대장이 거처할 영문을 짓고 또 함대가 정박할 방파제를 쌓았다.
이렇게 고금도 준비가 다 되어 이 순신 혼자만이 넉넉히 적을 소탕할 능력이 생길 만한 때에 명나라 수군 제독 진 인(陳璘)이 만 명 가까운 수군을 끌고 강화도(江華島)로부터 내려 왔다. 이름은 청병이나 기실은 순신의 행동을 방해하여 적을 놓아 보내고 마침내는 순신의 행동을 방해하여 적을 놓아 보내고 마침내는 순신을 죽게하는 결과를 낳게 만들었다.
십 이월. 진인(陳璘)이 고금도를 향하여 서울을 떠날 때에 왕은 군사를 거느리고 청파역(靑坡繹)까지 나와 전송하였다.
이날 진 인의 부하는 전송 나온 양주 목사를 차고 때리고. 찰방(찰방) 이 상규(李尙規)를 오라로 목을매어 땅바닥에 끌어 유혈이 만연하게 하였다.
류성룡은 진인을 보고 이 찰방을 놓아 주기를 청하였으나 진인은.
『너희 조선 관원들은 이렇게자 해야 버릇을 가르친다. 너희 놈들이 하는 일이 무엇이냐? 적이 오면 너희 놈들은 도망하고 우리 대명 나라 사람들더러 죽을 땅에 나가게 하고!』
하고 도리어 호령하였다.
자리에 있던 왕은 얼굴이 주홍 같이 되었다. 그러나 감히 한 마디도 말을 못하였다. 류성룡은 같이 앉았던 재상들을 돌아 보고.
『가석 하오. 이 순신이 또 패하겠소. 무엇하러 명 나라에 청병을 한단 말요!』
『순신이 인과 한 군중에 있게 되면 반드시 수신이 하는 일은 못하게 할 것이요. 도리어 순신이 원치 아니하는 일은 시킬 것이요. 순신의 장수 권리를 침탈할 것이요. 순신의 군사를 학대할 것이요. 수신이 이것을 거스르면 노할 것이요. 쫓으면 더할 것이니 이러고야 아니 패하고 어찌하오?』
하였다. 일좌가 다 류성룡의 말에.
『참 그렀소!』
하고 옳다는 뜻을 표하였다. 그러나 속으로는.
『요놈. 네가 순신을 두호하노라고.』
하고 악물었다.
나중에는 류성룡이 이 말이 명나라를 모욕한 말이라 하여 재상들 간에(명나라 말고 조선의) 류 성룡을 모든 이유의 하나가 되었다.